Rayón fue fundada en 1638 por el misionero jesuita Pedro Pantoja, quien le dio el nombre de Nuestra Señora del Rosario de Nacameri. La zona había sido habitada por los Pima Bajos, pueblo que encontró en las márgenes del Río San Miguel su hogar durante siglos.

En 1825, el nombre fue cambiado a Rayón en honor al general Ignacio López Rayón, héroe de la Independencia mexicana. En 1850 se le otorgó la categoría de villa, consolidándose como un municipio de gran tradición en la región centro de Sonora.

Hoy, Rayón es un municipio tranquilo a 110 km de Hermosillo, atravesado por el Río San Miguel y rodeado de paisajes de matorral sonorense. Su iglesia de Nuestra Señora del Rosario, en uso desde hace siglos, es el símbolo más vivo de su historia.